W ramach tego procesu, koncentrującego się na rozliczeniu projektu, podstawowymi fazami są:
1) podpisanie i ewentualne aneksowanie umowy na finansowanie projektu,
2) monitoring zgodności realizacji projektu z ustaleniami umowy (harmonogram, zakres rzeczowy, dokumentacja księgowa),
3) przygotowanie okresowych raportów oraz raportu finalnego i złożenie ich w Instytucji Wdrażającej,
4) zapewnienie prawidłowych rozliczeń z bankiem finansującym.

Rozpoczęcie wykonania projektu następuje po podpisaniu umowy na jego finansowanie (przyznanie dotacji). Po podpisaniu należy zaplanować działania operacyjne, przeprowadzić spotkanie osób zaangażowanych w projekt oraz szkolenie wprowadzające dla osób realizujących konkretne działania projektowe (np. jeśli projektem dotyczy wiedzy i umiejętności w firmie, to na szkoleniu wprowadzającym powinni pojawić się trenerzy którzy będą pracować z pracownikami). Jednym z czynników warunkujących przeprowadzenie projektu z sukcesem jest dbałość o ciągłość realizowanych zadań i dotrzymywanie warunków umowy. Zapisy w umowie regulują podstawowe kwestie związane z wprowadzaniem ewentualnych zmian, ze sprawozdawczością i monitoringiem projektu.

Przeczytaj również: Gdzie po dotację na założenie firmy reklamowej?

Beneficjent jest zobowiązany do przygotowania i dostarczenia okresowych i rocznych sprawozdań z realizacji projektu oraz raportu końcowego. Prawidłowo przygotowany formularz sprawozdania oraz dokumenty księgowe, opisane w sposób wymagany przez instytucję wdrażającą, są podstawą do rozliczenia poniesionych kosztów, czyli do uzyskania zwrotu pieniędzy wydatkowanych na danym etapie projektu. Dokumentami świadczącymi o ich poniesieniu są potwierdzone za zgodność z oryginałem kopie faktur lub dokumenty księgowe o podobnej wartości dowodowej; zgodnie z zestawieniem dokumentów potwierdzających poniesione wydatki objęte wnioskiem wraz z dowodami zapłaty (wyciągi bankowe lub potwierdzenia zapłaty gotówką) beneficjent otrzymuje dofinansowanie w formie refundacji w postaci płatności okresowych i płatności końcowej.