Ocena złożonego wniosku odbywa się w ramach procedury opisanej w szczegółowym opisie priorytetów programu operacyjnego. Można w niej wyróżnić kilka etapów.

Ocena formalna

Pierwszym etapem jest ocena formalna, której dokonuje instytucja wdrażająca. Ocena formalna jest oceną „0/1”, co oznacza, że niespełnienie któregokolwiek z wymaganych kryteriów formalnych wyklucza projekt z dalszej oceny. Ocena formalna nie powinna trwać dłużej niż 30 dni od momentu zamknięcia konkursu. W jej trakcie beneficjent ma możliwość jednorazowej poprawy błędów i uzupełnienia braków w złożonym wniosku. W zależności od wyników oceny formalnej instytucja wdrażająca w ciągu 7 dni od zakończenia oceny podejmuje decyzję o przekazaniu projektu do dalszej oceny lub jego odrzuceniu. W przypadku odrzucenia projektu podaje przyczyny oraz informuje o możliwości odwołania.

Ocena merytoryczna

Pozytywne zakończenie oceny formalnej rozpoczyna drugi etap oceny wniosku, którym jest ocena merytoryczna. Z reguły jest ona oceną punktową dokonywaną przez ekspertów zewnętrznych (tzw. asesorów). Projekt oceniają dwaj losowo wybrani eksperci.

Eksperci przyznają punkty według określonych zasad i na podstawie karty oceny merytorycznej. Po zakończeniu tego etapu wniosek otrzymuje określoną liczbę punktów, najczęściej jest to średnia arytmetyczna z dwóch ocen.

Polecamy: Budowanie struktury projektu

Kwalifikacja do dofinansowania

Po zakończeniu oceny merytorycznej instytucja wdrażająca uchwala listę projektów do dofinansowania, podając wnioskowaną kwotę oraz przyznaną w wyniku oceny kwotę dotacji. Przyznana kwota może być niższa od wnioskowanej, w takim przypadku rozpoczynają się negocjacje z beneficjentem. Zwieńczeniem negocjacji jest umieszczenie ostatecznej listy projektów wybranych do dofinansowania na stronach internetowych instytucji zarządzającej i instytucji wdrażającej.